Как говорили раньше: был бы человек, а статья найдётся

.
Я так понял, что счёт уже был засвечен в РФ, так как на него переводили деньги для подачи документов на визу D.
Я думаю, что если исправить нарушение до того момента, как на него обратила внимание налоговая, то можно отделаться мелким штрафом за неуведомление, но не попасть на оборотный штраф за нарушение валютного законодательства.
Обмен инфой между странами происходит раз в год, ближе к лету за прошлый год. Скорее всего в налоговую РФ попадает информация о счетах, остатках и суммарным оборотам по ним. Испанцы выгружают инфу по счетам, которые у них числятся как нерезидентские. Вот до этого момента нужно и уведомить и подать декларацию по движению денег за прошлый год.
После этого уже всё будет зависеть от внутренних разнорядок в налоговой. Пока очевидно есть разнарядка сильно людей не кошмарить, а делать только отдельные показные процессы, чтобы люди боялись последствий и сами сдавались. Про массовое применение оборотных штрафов за нарушение валютного законодательства я пока не слышал.